Estudió en la Universidad de Buenos Aires, donde se graduó como Médico y completó su residencia obteniendo el título de Especialista en Cirugía General. Posteriormente alcanzó el Doctorado en Medicina. Desarrolló su tarea profesional en las áreas de Ortopedia y Traumatología, y de Medicina del Deporte.
Por su condición de referente en la prevención y abordaje de lesiones deportivas, fue designado Jefe del Servicio de Traumatología del Deporte del Centro Nacional de Alto Rendimiento Deportivo de Buenos Aires (CeNARD).
Apasionado por la investigación, publicó numerosos artículos en las más prestigiosas revistas internacionales de sus especialidades. Fue investigador del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) de Argentina.
Dictó conferencias en numerosas reuniones científicas internacionales y en universidades, y se desempeñó, además, como profesor visitante de la prestigiosa Universidad Yale (USA).
Pionero en el área de la medicina en el tenis de Argentina, realizó un extraordinario aporte científico-deportivo al editar la serie de tres volúmenes titulada "Medicina Deportiva Aplicada al Tenis”. Redactó capítulos en libros de referencia internacional y publicó en forma bimestral, y por el periodo de once años, el boletín de comunicación “Medicina y Tenis On-Line”, proyecto que debido a su interés fue incluido en su totalidad en el sitio web de la Federación Internacional de Tenis (ITF). Más adelante fue miembro de la Comisión de Ciencia y Medicina del Deporte de dicha federación. También fue autor de un test utilizado para el síndrome de pinzamiento posterior del tobillo.
Durante 1996 creó el Departamento Médico de la Asociación Argentina de Tenis (AAT), dirigiéndolo hasta su fallecimiento. Fue médico oficial del equipo de Copa Davis de la entidad durante varios años, incluyendo el correspondiente a la obtención del título mundial en 2016, así como de equipos representativos participantes en otras competiciones internacionales del más alto nivel como Copa Fed y Juegos Panamericanos, entre otros.
En 2006 fue coautor de la Comisión Antidopaje de la Asociación Argentina de Tenis e ideó y comenzó a dirigir el Programa Antidopaje. Esta iniciativa, apoyada en la educación y la prevención, así como en su propio compromiso personal, contribuyó decisivamente a que no se registraran casos de uso de drogas ni métodos prohibidos en tenistas argentinos competitivos por un período de trece años (hasta 2019). Javier Maquirriain fue médico de la delegación argentina en los Juegos Panamericanos Río 2007.
En 2011 creó la Fundación Nixus para la Investigación Científica, con el objetivo de promover la investigación en las ciencias del deporte y de facilitar la capacitación profesional y la educación comunitaria sobre los beneficios de la actividad física.
Fue miembro activo y presidió la Society for Tennis Medicine and Science (STMS). Editó la revista científica de la institución durante varios años. Bajo su mandato como presidente organizó el 13° Congreso Mundial de Medicina Aplicada al Tenis, realizado en Buenos Aires en 2013.
Su trayectoria como deportista comenzó con la práctica del tenis en el Club Bartolomé Mitre y posteriormente pasó al Belgrano Athletic. Alcanzó el primer puesto del ranking metropolitano de menores en 1977 y continuó en el tenis competitivo durante varios años. Con posterioridad gestó una extraordinaria carrera en el Pádel, logrando los puestos número uno del ranking argentino y de la Federación Internacional, y obteniendo en 1992 el Campeonato Mundial de Pádel por equipos realizado en España (siendo también finalista en parejas). Junto con su hermano Gustavo, formó una de las duplas más preponderantes del circuito argentino en las décadas del 80 y del 90. Estos logros lo convirtieron en uno de los mejores jugadores de la historia de este deporte.
“Maqui” falleció el 6 de marzo de 2018, a la edad de 55 años, es recordado como una excelente persona, de grandes valores, respetado dentro y fuera de la cancha.