En 2000 pasó al Tau de Vitoria y luego de siete temporadas se convirtió en ídolo del club. En la temporada 2001/02 fue campeón de la Liga ACB, tres veces campeón de la Copa del Rey española (2001/02, 03/03 y  05/06), obtuvo dos Supercopas españolas (04/05 y 05/06) y fue subcampeón de la Euroliga en dos oportunidades (00/01 y 04/05).

Su sueño de jugar en la Selección argentina se hizo realidad en 1999, cuando Julio Lamas, el entrenador de aquel momento, lo convocó para el Sudamericano disputado en Bahía Blanca. Integrante de la histórica Generación Dorada, los títulos más destacados que consiguió con el equipo nacional fueron: el Campeonato FIBA Américas de 2001, medalla de plata en el Campeonato Mundial de Indianápolis 2002, medalla de oro en los Juegos Olímpicos Atenas 2004, medalla de oro en el FIBA Diamond Ball 2008, medalla de bronce en los Juegos Olímpicos Beijing 2008  y medalla de oro en el Campeonato FIBA Américas de 2011.

A mediados de 2007, Scola llegó a la NBA y el 30 de octubre hizo su debut con los Houston Rockets frente a Los Ángeles Lakers. Tras destacadas actuaciones en la mejor liga de básquetbol del mundo, el argentino fue elegido como integrante del quinteto ideal de los “Rookies” (principantes). En Houston permaneció hasta 2012, cuando pasó brevemente por los Phoenix Suns. Un año más tarde lo contrataron de Indiana Pacers y en 2015 llegó a los Toronto Raptors, franquicia para la que juega actualmente.

El ala pivote y capitán de la Selección argentina, de 35 años, cumplirá en Río de Janeiro su cuarta y última  participación olímpica e irá en busca de su tercera medalla. También buscará el voto de los atletas que participen en dichos Juegos para integrar la Comisión de Atletas del Comité Olímpico Internacional. A lo largo de su carrera ha sido un referente por sus valores como persona y deportista.